Две наиболее распространенные причины получения ошибки MySQL server has gone away (error 2006) это..

1. Сервер закрыл соединение по таймауту.
   
   Исправить можно так: проверить чтобы значение переменной wait_timeout в конфиг файле MySql - my.cnf было достаточным для выполнения скрипта.
   
   На Debian: нужно выполнить

    

   ?

   1	sudo nano /etc/mysql/my.cnf

   и установить wait_timeout = 600 ( значение задается в секундах, если ошибка не пропадет поиграйтесь с этим значением, чтобы найти оптимальное), после этого нужно рестартануть MySQL:

   ?

   1	sudo /etc/init.d/mysql restart

   Я не проверял, но значение по-умолчанию для wait_timeout можно установить вплоть до 28800 секунд (8 часов).

2. Сервер сбрасывает (отклоняет) неправильные или слишком большие пакеты. Если mysqldполучает пакет данных, который слишком большой или не корректный, он думает что что-то пошло не так или с клиентом случилась какая-то беда и закрывает соединение. Часто такая ошибка возникает при импорте дампов содержащих большие тексты.
   
   Исправить можно так: вы можете увеличить максимальный размер пакета увеличив значениеmax_allowed_packet в файле my.cnf.
   
   На Debian:нужно выполнить:

    

   ?

   1	sudo nano /etc/mysql/my.cnf

   и установить max_allowed_packet = 64M (если ошибка не пропадет поиграйтесь с этим значением, чтобы найти оптимальное), после этого нужно рестартануть MySQL

   ?

   1	sudo /etc/init.d/mysql restart

Про max_allowed_packet я так же писал здесь: ERROR 2006 (HY000) - MySQL server has gone away

Если Вы получаете ошибку MySQL server has gone away (error 2006) при использовании драйвера MySQL ODBC – можете попробовать это решение.